Eu posso falar por mim, e posso te garantir que a margem de lucro de uma loja virtual não é lá muito grande. Dificilmente você vai encontrar uma loja, bar ou restaurante com preços melhores. Com duas exceções: a loja está localizada próxima ao produtor. Então, nesse caso, não paga frete. Esse frete aumenta em muito o preço das artesanais, já que não são compradas em grande quantidade. O segundo caso é o de grandes mercados que, obviamente, têm preços muito melhores pelo fator quantidade. Compram muito, pagam muito menos.
Já em relação ao frete, não há muito o que fazer. O frete do RJ para a BA, por exemplo, nem está entre os mais caros. O problema é que o frete no Brasil é muito caro. Estradas ruins e pouca segurança = manutenção constante do veículo e cobertura dos riscos.