Se é cerveja e comercial, precisa de registro do MAPA.
Eu também ando pesquisando sobre isso e o que ando concluindo é que a legislação não prevê, de fato, o brewpub.
A questão é ver como o Município prevê a instalação de uma cervejaria (mesmo que nano) no endereço onde você quer instalar o bar. Cervejaria, de qualquer porte, é entendida como industria e costuma sofrer as restriçoes de zona industrial, além de ter os fatores complicantes como distancia minima de 200m de escolas, igrejas e postos militares, por exemplo.
Claro que isso não faz o menor sentido (posso vender cerveja a menos de 200m de escola, mas não posso fabricar?), mas são fatores complicantes. Brewpubs são, ao meu ver, a melhor saída para ampliação e consolidação do mercado cervejeiro, mas no Brasil parece quase impossível.
Pelo que sei, um dos poucos casos de brewpub no Brasil que conheço - o Lagom -, tem dois endereços e dois cnpjs. É uma possibilidade, também ...