Primeiro você precisa saber os tipos de fermentação existentes: Ale, Lager e Lambic (fermentação espontânea).
Uma pilsen, ou pilsener/pilsner(German Pilsner, Bohemian Pilsener, Classic american pilsner) ou lager (Standard american, premium, lite), são cervejas de baixa fermentação (Lager).
A diferença é só a nomenclatura. É claro, a variação de lúpulos pode ser um fator determinante (Bohemian Pilsener = lúpulo saaz), mas não muda muito.