Vou logo me antecipar na sua resposta. Mas fica a pergunta: que dia da semana vai estar por aqui? Se for sábado, é bem possível que nada no Centro vai estar funcionando.
Bares no Centro:
Espaço Imaginário (Rua Gomes Freire, 457). Tem uma grande variedade de cervejas, de artesanais brasileiras de todos os estados até inglesas e belgas. Alguns bons preços, outros nem tanto. Dependendo do dia que estiver por aqui, é bom ligar (21 3971-6812) pra saber se está funcionando (não abre sábado, as vezes fecha cedo, etc).
Café do Bom, Cachaça da Boa (Rua da Carioca, 10). Trabalha com as linhas completas da Schin e Ambev, tem preços bons. A carta de cachaças é foda e o café lá é bem bom
Bar Ernesto, Largo da Lapa 41. Tem uma carta grande, as vezes não tem tudo que tá na carta e os preços já foram melhores. Mas tem umas comidas bacanas e fica no meio da Lapa mesmo.
Bergut, Rua Senador Dantas 100. É a tal loja de vinhos que vende umas belgas. É bem cara e se estiver com disposição, tempo, dinheiro e interesse nisso, recomendo ir logo na fonte em Ipanema ...
Como o Jonathan já citou a Devassa do Centro e o Herr Brauer, não vou incluí-los.
Mas, do Cais, você pode pegar um taxi e ir pra Praça da Bandeira (sem transito não deveria dar nem 10 minutos), conhecer o (mundialmente?) famoso Aconchego Carioca (Rua Barão de Iguatemo, 370) e beber umas boas cervejas, acompanhado de comida fora de série. Ou ir no Bar da Frente (que fica literalmente na frente do Aconchego), que também tem umas boas cervejas e é um dos três lugares que vende o chopp Munich Helles do Leonardo Botto.